1.办公室（党委办公室）

负责队日常运转工作；承担文电、机要、档案、宣传、信访维稳、队务公开、信息化管理、后勤保障、政策法务、政府采购、合同管理等工作；承担基地物业管理；承担党建及纪检、群团等工作。

2.人事科

负责队干部人事、机构编制、队伍建设、劳动工资、职称申报、岗位聘任、教育培训、综合考核等日常管理工作，承担队人才工作和职工队伍建设工作。

3.财务审计科

负责制定队财务、资产、审计管理规定制度；负责财务管理与会计核算工作；负责国有资产管理、绩效管理、内部控制等工作；承担内部审计等工作。

4.安全技术质量科

负责队安全生产管理工作；负责编制队科技发展规划；负责开展队科研项目立项、项目技术管理和科技创新平台建设、地质科普宣教、对外科技交流和合作；负责队质量环境职业健康安全体系运营管理及资质建设、科技成果管理与转移转化应用。

5.矿产地质技术中心

服务南京、扬州地区能源资源安全等工作；承担基础性、公益性、战略性矿产地质调查评价和矿产资源勘查、开发、保护等工作，为矿产资源管理提供技术支撑。

6.地质灾害防治技术中心

为南京、扬州地区地质灾害防治提供技术支撑；承担地质灾害调查、评价、监测预警、防治、应急处置等技术服务工作；开展地质灾害防治信息化建设；开展地质灾害防治新技术新方法研究；做好江苏省地震和地质灾害应急救援南京队队伍建设和相关技术支撑工作。

7.国土生态调查与修复技术中心

服务南京、扬州地区生态文明建设和自然资源调查监测评价工作；承担环境地质、国土资源、水土保持等生态环境问题调查评价与监测技术服务；开展碳中和与清洁能源勘查、生态保护修复等技术方法研究和技术支撑。

8.地质调查技术中心

服务南京、扬州地区的基础性、公益性、战略性和城市发展安全地质调查评价工作；开展区域地质、水文地质、遥感地质及地质遗迹等地质调查工作；承担工程地质、城市发展安全风险等地质调查评价与监测工作；开展城市地质安全风险调查评价等地质问题研究和技术支撑等工作。

9.测绘与地理信息技术中心

承担南京、扬州地区的基础地形地质测绘工作，为地质工作开展提供测绘与地理信息技术保障等工作。

10.地质测试中心

承担基础性、公益性地质测试工作，开展地质钻探、地球物理勘查、地质测试分析与检验检测新技术新方法新装备研究、推广应用及标准制定；为科研机构和科技平台提供地质实验测试服务。

11.扬州分队

为扬州地区自然资源管理提供日常技术支撑，协助队内设机构在扬州地区开展相关地质技术服务工作。

12.离退休服务科

负责队离退休人员服务等工作。